Préparation d'extraits d'ARN / ADN: Nous proposons un service d’extraction d’ARN et d’ADN à l’aide de systèmes automatisés de dernière génération, capables de traiter une grande variété d’échantillons (cellules, tissus, fluides biologiques) tout en préservant l’intégrité et la qualité des acides nucléiques. L'automatisation réduit les risques de contamination croisée, améliore la reproductibilité des résultats et optimise l'efficacité du traitement.

Cette prestation peut être proposée aux équipes de recherche ne disposant pas de la capacité de réaliser l’extraction elles-mêmes, sous réserve d'une discussion préalable avec les responsables de la plateforme.

Le service comprend :

• Extraction d'ARN : Nous fournissons des extraits d'ARN de haute qualité, exempts de contaminants, prêts pour des applications telles que le RNA-Seq, la PCR en temps réel, ou encore des analyses d'expression génique sur puces.
• Extraction d'ADN : Nous préparons des extraits d'ADN de haute pureté, adaptés aux applications en génotypage, PCR, et séquençage. Nous utilisons des protocoles optimisés pour maximiser le rendement tout en minimisant la présence d'inhibiteurs qui pourraient interférer avec les analyses en aval.

Notre plateforme propose un service de contrôle qualité complet des extraits d'acides nucléiques (ARN/ADN), essentiel pour garantir la fiabilité des analyses en aval, telles que le séquençage ou la PCR. Ce contrôle qualité repose sur des instruments de haute précision permettant une évaluation détaillée de la pureté, de l'intégrité et de la concentration des échantillons. Nous utilisons une combinaison d'outils pour assurer des résultats optimaux, quel que soit le type d'échantillon analysé.

Détails du Service :

• Qualification des Extraits d'Acides Nucléiques : Le contrôle qualité des acides nucléiques est effectué par une série de tests permettant d’évaluer :

• Pureté : Mesure du ratio A260/A280 pour l'ARN/ADN afin d’évaluer la contamination par des protéines ou d’autres composés organiques.

• Intégrité : Vérification de la taille et de l'intégrité des fragments d'ARN ou d'ADN, ce qui est crucial pour des applications comme le RNA-Seq ou le génotypage. Une dégradation ou une fragmentation excessive peut compromettre les résultats des analyses.

• Concentration : Mesure de la concentration d'ARN ou d'ADN dans l’échantillon pour s'assurer que celle-ci est suffisante pour les analyses en aval.

L'intégration de plusieurs technologies (Nanodrop, Qubit, Bioanalyseur, Qsep1) permet d’assurer un contrôle qualité complet et approfondi, indispensable avant de procéder aux étapes suivantes de vos projets de recherche.

Le RNA sequencing (RNA-Seq) est une approche puissante permettant d'identifier et de quantifier les transcrits d'ARN messagers, offrant des informations cruciales sur les systèmes biologiques. Grâce au RNA-Seq, nous pouvons obtenir des données essentielles telles que :

• Les réponses cellulaires aux traitements ou aux conditions pathologiques.
• L'expression génique différentielle entre différents groupes expérimentaux ou états cellulaires.

Notre service de RNA-Seq, réalisé sur la plateforme Illumina NextSeq 550, garantit des données de séquençage de haute qualité et à haut débit, adaptées aux besoins spécifiques de votre recherche. Nous proposons un accompagnement complet pour faciliter un profilage transcriptomique précis et fiable.

Nous offrons une gamme complète de prestations, incluant :

• Séquençage orienté des ARN polyadénylés (le brin codant).
• Séquençage non orienté des ARN polyadénylés.
• Séquençage des petits ARN : miRNA, siRNA, etc.
• Séquençage orienté des ARN non polyadénylés (déplétion).
• Séquençage de très faible quantité d’ARN (à partir de 1 ng d’ARN).
• Whole Exome – Exome ciblé – Panel

Notre expertise et notre technologie permettent d’adapter chaque analyse en fonction des besoins spécifiques de vos projets, tout en garantissant des résultats fiables et détaillés.

Le single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) permet d’analyser le transcriptome à l’échelle individuelle, offrant une résolution fine pour étudier l’hétérogénéité cellulaire au sein d’échantillons complexes. Cette approche est essentielle pour déchiffrer la diversité des états cellulaires, comprendre les dynamiques de différenciation, et explorer les mécanismes biologiques sous-jacents aux processus physiopathologiques.

Notre plateforme propose plusieurs solutions adaptées aux besoins spécifiques des projets :

• Technologie 10x Genomics Chromium : Cette solution à haut débit permet l'encapsulation de milliers de cellules individuelles dans des microgouttelettes (GEMs) pour la capture et l'analyse parallèle de leurs transcriptomes. Elle est particulièrement adaptée aux études nécessitant un grand nombre de cellules et une large couverture des sous-populations cellulaires. Nous offrons également des analyses spécifiques avec cette technologie, telles que l’analyse BCR (récepteur des cellules B) et TCR (récepteur des cellules T), permettant d’explorer les répertoires des récepteurs d'antigènes et d’approfondir les études sur la réponse immunitaire.
• Technologies C1 et Biomark (Fluidigm) :

• La plateforme C1 permet l'isolement et le traitement automatique de cellules uniques dans des puces microfluidiques dédiées, avec des options d’amplification d’ARNm en vue d’analyses approfondies. Elle est idéale pour des projets nécessitant un contrôle précis de la capture cellulaire (taille, type) et une caractérisation fine de chaque cellule.

• Le Biomark est utilisé pour la quantification hautement sensible de l’expression génique par PCR en temps réel (qPCR) à l’échelle unicellulaire, permettant d’analyser un panel ciblé de gènes avec une grande précision et à coût maîtrisé.

Grâce à cette offre combinée, notre plateforme peut répondre à une large variété de projets, allant du criblage global du transcriptome au profilage ciblé de gènes d’intérêt sur cellules uniques.

La majorité des ARN messagers d'une cellule se localise généralement dans le cytosol, tandis que les transcrits récemment exprimés se trouvent principalement dans le noyau. Lors de l’utilisation de cellules intactes et viables, l'expression génique est mesurée à partir de l'ARNm provenant de l'ensemble de la cellule. Cependant, lorsqu'il s'agit de tissus congelés, l'isolement de noyaux intacts est plus simple que celui des cellules entières. Pour l'analyse de ces échantillons, nous proposons l'approche Single-Nucleus RNA-Seq (snRNA-Seq), en utilisant la technologie 10X Genomics, qui permet une analyse précise des transcriptomes au niveau du noyau, offrant une solution adaptée aux tissus congelés

Les études cytogénétiques sont réalisées pour identifier les aneuploïdies, les microdélétions, les microduplications ainsi que d'autres types d'anomalies chromosomiques. Notre plateforme propose une gamme de puces à ADN (Affymetrix, Applied Biosystems) permettant de détecter les variations du nombre de copies chromosomiques et les déséquilibres allélique. Ces puces Cytoscan HD sont utilisées pour étudier et caractériser les gains et pertes de copies, l'absence d'hétérozygotie (AOH), la perte d'hétérozygotie sans modification du nombre de copies (cnLOH), la disomie uniparentale, les régions identiques par descendance, ainsi que le mosaicisme.

Le workflow du test CytoScan HD Accel peut être réalisé en seulement 2 jours

La quantité d'ADN génomique requise pour le test est de 100 ng.

Le test CytoScan HD Accel génère une cible homogène qui est hybridée à la puce CytoScan HD Accel, garantissant des résultats reproductibles et fiables

Notre plateforme propose une analyse spécialisée des microARNs à l'aide des puces Affymetrix miRNA 4.0. Ce service permet un profilage complet de l'expression des microARNs sur une large gamme d'échantillons, offrant ainsi des perspectives détaillées sur la régulation de l'expression génétique et le rôle des microARNs dans divers processus biologiques.

Notre plateforme transcriptome propose une analyse d'expression génique de haute précision en utilisant les puces Affymetrix Clarion D, Ewon ST, HTA 2.0 A, U133, ect... Ces puces offrent une couverture génomique étendue et une sensibilité exceptionnelle, permettant de quantifier précisément l'expression des gènes dans divers types d’échantillons. Adaptées pour des études approfondies de la régulation génique et la découverte de biomarqueurs, elles assurent des résultats fiables et reproductibles pour des projets de recherche avancée.

• Simple amplification à partir de 100ng d’ARN total & Hybridation
• Double amplification à partir de 10ng d’ARN total & Hybridation
• Amplification du très petit échantillon à partir de 600pg d’ARN total ou à partir de quelques cellules & Hybridation (Arcturus ou NuGen).