// Descriptif du plateau

Le plateau de Génomique Végétale de MGX s’est constitué au début des années 2010 autour des plateaux de Montpellier dédiés au génotypage et séquençage dans le domaine de l’Agro-Biodiversité. Ce plateau, composé de deux laboratoires situés au CIRAD-Lavalette (bâtiment 3) et à INRAE-ARCAD (bâtiment ARCAD), est hébergé par l’Unité Mixte de Recherche AGAP Institut (Institut d’Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et tropicales). Une des principales missions scientifiques de cette UMR est (i) de décrire la diversité des plantes cultivées et de leurs espèces sauvages apparentées et (ii) de déterminer comment les principaux facteurs évolutifs ont façonné cette diversité génétique et de la mobiliser dans des programmes d’améliorations génétiques. Parmi les nombreux modèles biologiques végétaux étudiés, certains présentent des caractéristiques génomiques complexes (polyploïdes, riches en éléments répétés, parfois avec de très grandes tailles de génome). Le plateau dispose d’une expertise technique et scientifique spécifique pour appréhender ces complexités. Il est en mesure de proposer des outils technologiques adaptés afin d’apporter aux chercheurs des solutions innovantes pour leurs questions de recherche.

Ce plateau de Génomique Végétale offre d’importantes possibilités (i) de préparation d’acides nucléiques (ADN, ARNs), (ii) de génotypage basé sur des technologies classiques pour l’analyse de marqueurs tels que SSR (Simple Sequence Repeat) et SNP (Single Nucleotide Polymorphism), (iii) de séquençage short-reads à moyen/haut débit pour des analyses de type WGS (Whole Genome Sequencing), RNA-seq (transcriptomique) et plus récemment (iv) de séquençage long-reads (ONT).

// Prestations et tarifs proposés par le  plateau

Le plateau MGX-Génomique Végétale met à la disposition de ces utilisateurs des équipements nécessaires au génotypage et séquençage classiques, ainsi que d’automates destinés à la manipulation d'échantillons biologiques et la préparation haut-débit d'extraits d’acides nucléiques. Il propose certains outils indispensables à la préparation de banques de fragments génomiques en vue d’un séquençage massif. Le plateau assure une veille technologique, l’accueil et la formation de nombreux personnels (étudiants, techniciens, chercheurs) issus des communautés scientifiques montpelliéraine, nationale et internationale.

Plusieurs technologies y sont proposées :

• Extractions moyen/haut-débit ADN / ARN -  automate d’extraction Thermo King Fisher Flex et Duo prime et Beckman FXp
• Génotypage de polymorphisme de taille (SSR) - séquenceur capillaire
• Génotypage en point final de polymorphisme de substitution nucléotidique (SNP) - Biomark
• Génotypage par séquençage sur séquenceur NGS (GBS, RAD-seq, ddRADseq, capture, MIP…).
• Méta bar-coding, bar-coding environnemental.
• Préparation de librairies short-reads DNA-seq et RNA-seq
• Séquençage Illumina (Miseq) - Miseq
• Préparation de librairies long-reads ADN Oxford Nanopore Technology simplex et multiplex (DNA-seq, méthylome).