// Descriptif du plateau
// Prestations et tarifs proposés par le plateau
Le plateau MGX du campus Arnaud de Villeneuve propose des prestations dans le domaine du séquençage très haut débit (Next Generation Sequencing) et dans l’analyse des données ainsi produites.
Le séquençage à très haut débit, encore appelé "Next Generation Sequencing", "Deep Sequencing" ou "Ultra high-throughput Sequencing", est réalisé sur un NovaSeq 6000 produit par la société Illumina.
Le séquençage de longs fragments est réalisé sur MinION produit par la société Oxford Nanopore Technologies.
Le plateau propose un service d'analyse bioinformatique des données pour la plupart des applications (présence d'un astérisque dans la liste des prestations ci-dessous).
A partir des échantillons fournis par le client, le plateau technique réalise les étapes de :
- Contrôle qualité de l’échantillon
- Construction des banques
- Génération des clusters
- Séquençage sur différentes longueurs selon l’application choisie
- Analyse qualité des séquences obtenues
- Analyse bioinformatique et statistique des données
Le tarif d'une prestation dépend du type d'application, de la profondeur de séquençage et des analyses. A titre indicatif, le tableau suivant présente les tarifs 2020 de prestations standards :
| Prestations | Tarifs |
|
Chip-seq (/échantillon) 50 millions de séquences paired-end 50 nt |
376€ |
|
Small-RNA-seq (/échantillon) 20 millions de séquences single-read 100 nt |
250 € |
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RNA-seq (/échantillon) 30 millions de séquences paired-end 50 nt |
275€ |
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ADN génomique (/échantillon) 50 millions de séquences paired-end 150 nt |
462 € |
| Identification de gènes différentiellement exprimés (/comparaison) | 79€ |
| Analyses bioinformatiques personnalisées | Nous consulter |
Les équipements disponibles sur le plateau sont les suivants :
Pour la partie séquençage haut débit le plateau possède :
// Equipe
// Direction
Laurent JOURNOT
Responsable Plateforme
// Sequençage Haut-débit
Camille BELLIÈRES
Assistante Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit
Kévin CALLEWAERE
Ingénieur d'Études CNRS, CDD Séquençage haut-débit
Pauline FORTE
Assistante Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit
Emily LONGEQUEUE
Assistante Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit
Hugues PARRINELLO
Ingénieur de Recherche CNRS Séquençage haut-débit,
Responsable Management Qualité
Agnès RASTETTER
Assistante Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit
Dany SEVERAC
Ingénieur d’Etudes CNRS, Séquençage haut débit
// Bio-Informatique
Emmanuelle BEYNE
Ingénieure de Recherche CNRS, CDD, Analyse des données de séquençage
Jacques IMBERT
Ingénieur d’Etudes INSERM, CDD, Analyse des données de séquençage
Anaïs LOUIS
Ingénieure d’Etudes CNRS, CDD, Analyse des données de séquençage
Stéphanie RIALLE
Ingénieure de Recherche CNRS, Analyse des données de séquençage, développement, administration informatique
- Élise GUÉRET, Assistant Ingénieur CNRS, CDD janvier 2019 - mai 2023, Séquençage haut-débit
- Xavier MIALHE, Stagiaire M2 février 2019 - août 2019, Développement d’un pipeline de variants somatiques ; Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD septembre 2019 - mai 2023 Analyse des données de séquençage, développement
- Anne-Alicia GONZALEZ, Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2020 - septembre 2022, Séquençage haut-débit
- Mathilde ESTEVEZ-VILLAR, Assistant Ingénieur CNRS, CDD octobre 2020 - juillet 2022, Séquençage haut-débit
- Emeric DUBOIS, Ingénieur d’Etudes INSERM, janvier 2010 - janvier 2022, Analyse des données de séquençage, développement, administration informatique
- Marine PRATLONG, Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD 17 avril 2017 - 16 avril 2021 Analyse des données de séquençage, développement
- Abigaïl DELORT Assistant Ingénieur CNRS, CDD octobre 2019 - août 2020 Séquençage haut-débit
- Célia BARRACHINA Assistant Ingénieur CNRS, CDD avril 2016 - décembre 2019 Séquençage haut-débit
- Elise LEFEBVRE Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2018 - janvier 2019 Séquençage haut-débit
- Samia GUENDOUZ Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2015 - janvier 2018 Séquençage haut-débit
- Sébastien NIN Stagiaire M2, février 2017 - août 2017 Bioinfo : Analyse des smallRNA
- Marie GISLARD Assistant Ingénieur CNRS, CDD Mars 2016 - avril 2017 Séquençage haut-débit
- Marine ROHMER Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD novembre 2013 - février 2017 Analyse des données de séquençage, développement
- Sophie VIVIER Assistant Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit
- Maurine BONABAUD Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2015 - février 2016 Séquençage haut-débit
- Rachid KOUAL Assistant Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit
- Sabine NIDELET Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2012 - novembre 2014 Séquençage haut débit
- Leila BASTIANELLI Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD octobre 2012 - octobre 2013 Bioinformatique
- Vincent DEMOLOMBE Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD mars 2012 - août 2013 Bioinformatique
- Clémence GENTHON Assistant Ingénieur UM1 (CDD) Avril 2011 - Janvier 2012 Microarrays, Séquençage haut débit
- Christelle DANTEC Ingénieur de Recherche CNRS Décembre 2005 - Décembre 2011 Bioinformatique
- Jean-Pierre DESVIGNES Ingénieur d’Etudes CNRS (CDD) Mars 2009 - Octobre 2011 Bioinformatique
- Grégory BARONIAN Assistant Ingénieur CNRS (CDD) Avril 2010 - Mars 2011 Microarrays, Séquençage haut débit
- Stéphane LIBAT Ingénieurs d’Etudes INSERM (CDD) Juillet 2009 - Novembre 2010 Mis en place du système qualité sur la plateforme.
- Audrey BRISEBARRE Stage Janvier 2010 - Juillet 2010 Bioinformatique
- Philippe FRANÇOIS Stage Août 2009 Bioinformatique
- Ivanna FUENTES Assistant-Ingénieur CNRS (CDD) Avril 2008 - Avril 2009 Microarrays
- Tabaré MOUROT Stage Bioinformatique
