// Descriptif du plateau

Le plateau a été créé en 1999 lors de la mise en place de la Génopole Montpellier - Languedoc-Roussillon. Il est installé sur le campus Arnaud de Villeneuve, au sein de l’Institut de Génomique Fonctionnelle.

Ce plateau propose les services suivants :

  • Séquençage haut débit
  • Biostatistiques et Bio-informatique

Les applications incluent notamment le séquençage de novo ou le re-séquençage de génomes, l’étude du transcriptome de nombreuses espèces animales, végétales et procaryotes, mais également les techniques d’étude de la structure et de la dynamique chromatinienne (ChIP-Seq, 4C...) et des modifications épigénétiques (méthylation de l'ADN). Il développe des approches de génomique sur cellules uniques

Le plateau est certifié ISO9001:2015 depuis octobre 2010 et NF X50-900 depuis avril 2022.

// Prestations, tarifs et pré-requis

Le plateau MGX du campus Arnaud de Villeneuve propose des prestations dans le domaine du séquençage très haut débit (Next Generation Sequencing) et dans l’analyse des données ainsi produites.

Le séquençage à très haut débit, encore appelé "Next Generation Sequencing", "Deep Sequencing" ou "Ultra high-throughput Sequencing", est réalisé sur un NovaSeq produit par la société Illumina.

Le séquençage de longs fragments est réalisé sur MinION produit par la société Oxford Nanopore Technologies.

Le plateau propose un service d'analyse bioinformatique des données pour la plupart des applications (présence d'un astérisque dans la liste des prestations ci-dessous).

  

A partir des échantillons fournis par le client, le plateau technique réalise les étapes de :

  • Contrôle qualité de l’échantillon
  • Construction des banques
  • Génération des clusters
  • Séquençage sur différentes longueurs selon l’application choisie
  • Analyse qualité des séquences obtenues
  • Analyse bioinformatique et statistique des données

Le tarif d'une prestation dépend du type d'application, de la profondeur de séquençage et des analyses. A titre indicatif, le tableau suivant présente les tarifs 2020 de prestations standards :

Prestations Tarifs

Chip-seq (/échantillon)

 50 millions de séquences paired-end 50 nt

 376€

Small-RNA-seq (/échantillon)

20 millions de séquences single-read 100 nt

 250 €

RNA-seq (/échantillon)

30 millions de séquences paired-end 50 nt

 275€

ADN génomique (/échantillon)

50 millions de séquences paired-end 150 nt

 462 €
Identification de gènes différentiellement exprimés (/comparaison) 79€
Analyses bioinformatiques personnalisées Nous consulter

1. Le conditionnement des échantillons.

2. Les applications ADN courts fragments.

3. Les applications ARN courts fragments.

4. Les séquençage long read sur MinION.

5. Le single cell.

6. Les banques Ready To Load.

 

 

1. Le conditionnement des échantillons :

 

Pour les projets comprenant moins de 16 échantillons, chaque échantillon devra être livré en tube 1,5 ml individuel.

 

Pour les projets comprenant plus de 16 échantillons, les échantillons devront être diposés en colonne dans une plaque 96 jupée et scellé par un film étanche (thermoscellage fortement recommandé).

 

2. Les applications ADN courts fragments :

 

Type d’expérience

Pré-requis quantitatifs

Pré-requis qualitatifs

DNA seq petits génomes (bactéries...)

2 ng (microfluorimétrie)

0,1 ng/µl en H2O

 

DNA seq grand génomes

200 ng (microfluorimétrie)

10 ng/µl en H2O

Ratio 260/230 > 2

Ratio 260/280 > 1,8

intégrité vérifiée sur gel

WGBS et RRBS

200 ng (microfluorimétrie)

5 ng/µl en H2O

Ratio 260/230 > 2

Ratio 260/280 > 1,8

intégrité vérifiée sur gel

RAD-seq

2 µg (microfluorimétrie)

25 ng/µl en H2O

Ratio 260/230 > 2

Ratio 260/280 > 1,8

intégrité vérifiée sur gel

Traitement RNAse

 

 

3. Les applications ARN courts fragments :

 

Type d’expérience

Pré-requis quantitatifs

Pré-requis qualitatifs

RNA-seq tri polyA

1 µg (spectrophotométrie)

100 ng/µl en H2O

Ratio 260/230 > 2

Ratio 260/280 > 2

Intégrité vérifiée sur gel

RNA-seq petites quantités

25 ng

1 ng/µl en H2O

Intégrité vérifiée sur gel

Traitement DNAse *

RNA-seq déplétion

2 µg

100 ng/µl en H2O

Ratio 260/230 > 2

Ratio 260/280 > 2

Intégrité vérifiée sur gel

Traitement DNAse *

BRB-seq

500 ng

33 ng/µl en H2O

Ratio 260/230 > 1,6

Ratio 260/280 > 2

Intégrité vérifiée sur gel

Traitement DNAse

Small RNA-seq

4 ng

0,3 ng/µl en H2O

Max. 15 µl

Ratio 260/230 > 2

Ratio 260/280 > 2

Intégrité vérifiée sur gel

Traitement DNAse

 

* Traitement obligatoire

 

4. Le séquençage long read sur MinION :

 

Type d’expérience

Pré-requis quantitatifs

Pré-requis qualitatifs

DNA seq MinION

5 µg (microfluorimétrie)

100 ng/µl en H2O

Ratio 260/230 > 2

Ratio 260/280 > 1,8

Intégrité vérifiée sur gel

RNA-seq MinION

3 µg

150 ng/µl en H2O

Ratio 260/230 > 2

Ratio 260/280 > 2

Intégrité vérifiée sur gel

Traitement DNAse

Amplicon sequencing

Min 400 fmole

20µl max

Ratio 260/230 > 2

Ratio 260/280 > 1,8

Taille vérifiée sur gel

 

 

5. Le single cell :

 

Ce tableau donne une ligne directrice générale. Nous vous recommandons cependant de nous consulter en amont de la génération des échantillons.

 

Type d’expérience

Pré-requis quantitatifs

Pré-requis qualitatifs

Single cell 3’ RNAseq

20 000 cellules ou noyaux
1000 cellules ou noyaux/µl

(Cell counter)

Viabilité cellulaire >90 %

Pas d’aggrégats de cellules

Peu de débris

 

6. Banque Ready to Load :

 

Type d’expérience

Pré-requis quantitatifs

Pré-requis qualitatifs

Banque RTL

Min. 10 nM

Min. 20 µl en H2O ou EB

Vérification sur gel

Moins de 1% de doublets d’adaptateurs (molarité)

// Direction

Hervé SEITZ

Responsable Plateforme

 

// Sequençage Haut-débit

 

Camille BELLIÈRES

Assistante Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit

 

Kévin CALLEWAERE

Ingénieur d'Études CNRS, CDD Séquençage haut-débit

 

Pauline FORTE

Assistante Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit

 

Emily LONGEQUEUE

Assistante Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit

 

Hugues PARRINELLO

Ingénieur de Recherche CNRS Séquençage haut-débit,
Responsable Management Qualité

 

Agnès RASTETTER

Assistante Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit

 

Dany SEVERAC

Ingénieur d’Etudes CNRS, Séquençage haut débit

// Bioinformatique

 

 

Marine ALIS

Ingénieure d'études CNRS, CDD, Analyse des données de séquençage

 

 

Jacques IMBERT

Ingénieur de Recherche INSERM, permanent, Analyse des données de séquençage

 

Anaïs LOUIS

Ingénieure d’Etudes CNRS, CDD, Analyse des données de séquençage

  • Emmanuelle BEYNE, Ingénieur de Recherche INSERM, CDD août 2023 - janvier 2025, Analyse des données de séquençage, développement
  • Stéphanie RIALLE, Ingénieur de Recherche CNRS, janvier 2012 - décembre 2024, Analyse des données de séquençage, développement, administration informatique
  • Rachel LAPEYRE, Assistant Ingénieur CNRS, CDD octobre 2022 - septembre 2024, Séquençage haut-débit
  • Alexandra DAUVÉ, Assistant Ingénieur CNRS, CDD septembre 2022 - septembre 2024, Séquençage haut-débit
  • Simon GEORGES, Assistant Ingénieur CNRS, CDD janvier 2019 - décembre 2023, Séquençage haut-débit
  • Élise GUÉRET, Assistant Ingénieur CNRS, CDD janvier 2019 - mai 2023, Séquençage haut-débit
  • Xavier MIALHE, Stagiaire M2 février 2019 - août 2019, Développement d’un pipeline de variants somatiques ; Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD septembre 2019 - mai 2023 Analyse des données de séquençage, développement
  • Anne-Alicia GONZALEZ, Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2020 - septembre 2022, Séquençage haut-débit
  • Mathilde ESTEVEZ-VILLAR, Assistant Ingénieur CNRS, CDD octobre 2020 - juillet 2022, Séquençage haut-débit
  • Emeric DUBOIS, Ingénieur d’Etudes INSERM, janvier 2010 - janvier 2022, Analyse des données de séquençage, développement, administration informatique
  • Marine PRATLONG, Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD 17 avril 2017 - 16 avril 2021 Analyse des données de séquençage, développement
  • Abigaïl DELORT Assistant Ingénieur CNRS, CDD octobre 2019 - août 2020 Séquençage haut-débit
  • Célia BARRACHINA Assistant Ingénieur CNRS, CDD avril 2016 - décembre 2019 Séquençage haut-débit
  • Elise LEFEBVRE Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2018 - janvier 2019 Séquençage haut-débit
  • Samia GUENDOUZ Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2015 - janvier 2018 Séquençage haut-débit
  • Sébastien NIN Stagiaire M2, février 2017 - août 2017 Bioinfo : Analyse des smallRNA
  • Marie GISLARD Assistant Ingénieur CNRS, CDD Mars 2016 - avril 2017 Séquençage haut-débit
  • Marine ROHMER Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD novembre 2013 - février 2017 Analyse des données de séquençage, développement
  • Sophie VIVIER Assistant Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit
  • Maurine BONABAUD Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2015 - février 2016 Séquençage haut-débit
  • Rachid KOUAL Assistant Ingénieur CNRS, CDD Séquençage haut-débit
  • Sabine NIDELET Assistant Ingénieur CNRS, CDD février 2012 - novembre 2014 Séquençage haut débit
  • Leila BASTIANELLI Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD octobre 2012 - octobre 2013 Bioinformatique
  • Vincent DEMOLOMBE Ingénieur d’Etudes CNRS, CDD mars 2012 - août 2013 Bioinformatique
  • Clémence GENTHON Assistant Ingénieur UM1 (CDD) Avril 2011 - Janvier 2012 Microarrays, Séquençage haut débit
  • Christelle DANTEC Ingénieur de Recherche CNRS Décembre 2005 - Décembre 2011 Bioinformatique
  • Jean-Pierre DESVIGNES Ingénieur d’Etudes CNRS (CDD) Mars 2009 - Octobre 2011 Bioinformatique
  • Grégory BARONIAN Assistant Ingénieur CNRS (CDD) Avril 2010 - Mars 2011 Microarrays, Séquençage haut débit
  • Stéphane LIBAT Ingénieurs d’Etudes INSERM (CDD) Juillet 2009 - Novembre 2010 Mis en place du système qualité sur la plateforme.
  • Audrey BRISEBARRE Stage Janvier 2010 - Juillet 2010 Bioinformatique
  • Philippe FRANÇOIS Stage Août 2009 Bioinformatique
  • Ivanna FUENTES Assistant-Ingénieur CNRS (CDD) Avril 2008 - Avril 2009 Microarrays
  • Tabaré MOUROT Stage Bioinformatique

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