La plateforme MGX propose une gamme très complète d'applications des techniques de génomique :

  • (Re)Séquençage de génomes complets: WGS (whole genome sequencing)
  • Caractérisation de l'architecture et de la dynamique chromatinienne: ChIP-seq (chromatin-immunoprecipitation sequencing), Hi-C
  • Identification des modifications épigénétiques: ChIP-seq, RRBS (reduced representation bisulfite sequencing), WGBS (whole genome bisulfite sequencing)
  • Identification de mutations et de variants naturels: WES (whole exome sequencing), SNV/indels/CNV
  • Analyse du transcriptome: mRNA (polyA+ et déplétion d'ARN ribosomaux) et ARN de petite taille, transcriptome sur cellules uniques
  • Génotypage: RAD-seq (Restriction-Site Associated DNA sequencing), GBS (genotyping by sequencing), microsatellites

Elle dispose de :

  • Robots pour la préparation des acides nucéliques, la construction des banques NGS et la réalisation des PCR
  • Séquenceurs NGS Illumina et Oxford Nanopore technologies
  • Séquenceurs Sanger ABI
  • Systèmes de microfluidique 10X Genomics et Fluidigm
  • Lecteurs de puces Affymetrix
  • Appareils de PCR quantitative Roche et digitale Styla
  • Appareils d'électrophorèse capillaire

et de pipelines d'analyse bioinformatique pour la plupart des applications mises en œuvre sur la plateforme :

  • single-cell 3' RNA-seq

  • RNA-seq

  • BRB-seq

  • small RNA-seq

  • RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing) et WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing)

  • ADN génomique (WGS, WES, targeted-sequencing)

  • ChIP-seq

  • Cribles CRISPR / Cas9

  • Long-read (assemblage de génome bactérien)

 

 

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