Bioinformatique
Le plateau technique propose des prestations d'analyses bioinformatiques et biostatistiques des données de séquençage.
Quelle que soit la prestation, le plateau technique réalise un contrôle qualité des données séquencées, afin de déterminer si les données obtenues correspondent aux spécifications attendues, tant en terme de nombre, de qualité des séquences, que de composition. Cela permet de vérifier que la préparation des banques et le séquençage se sont bien déroulés.
De plus, le plateau propose des analyses bioinformatiques et biostatistiques des données produites sur la plateforme pour les applications suivantes :
- single-cell 3' RNA-seq : alignement sur le génome de référence, génération des matrices de comptages, clustering des cellules, analyse statistique d'expression différentielle (Cell Ranger).
- RNA-seq : alignement sur le génome de référence, comptage, analyse statistique d'expression différentielle, analyse Gene Ontology, analyse GSEA (Gene Set Enrichment Analysis), assemblage de transcriptome.
- BRB-seq : alignement sur le génome de référence, génération des matrices de comptages, analyse statistique d'expression différentielle, analyse Gene Ontology.
- small RNA-seq : alignement sur le génome de référence, quantification, prédiction de nouveaux miARN, analyse statistique d'expression différentielle.
- RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing) et WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing) : alignement sur le génome de référence adapté aux séquences ayant subi un traitement bisulfite, détermination de l'état de méthylation des bases, analyse statistique de méthylation différentielle, annotation.
- ADN génomique (WGS, WES, targeted-sequencing) : alignement sur le génome de référence, détection des SNP et indels, annotation.
- ChIP-seq : alignement sur le génome de référence, détection des pics d'enrichissement, annotation, analyse Gene ontology.
- Cribles CRISPR / Cas9 : alignement sur la banque de référence, comptage, analyse statistique d'enrichissement des sgRNA et des gènes.
- Long-read : assemblage de génome bactérien à partir de long-reads ONT ou hybride (long-read et short-read illumina).
Le détail des prestations bioinformatiques est décrit au sein de chaque prestation.