Génotypage par séquençage:

Le génotypage par séquençage est une technique qui combine la fragmentation ciblée de l’ADN génomique avec le séquençage de nouvelle génération (NGS), afin de détecter rapidement et efficacement un grand nombre de marqueurs génétiques.

Ces méthodes reposent sur une réduction de la complexité du génome par digestion enzymatique (endonucleases), amplification PCR ciblée et/ou hybridation de sondes spécifiques à certains locus. Les fragments d’ADN ainsi isolés sont ensuite indexés et/ou barcodés, puis séquencés en parallèle sur des plateformes de type « short reads ».

Après un traitement bioinformatique des données, il est possible d’identifier des variations génétiques telles que les SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) ou les SNV (Single Nucleotide Variants).

Plusieurs méthodes de génotypage par séquençage sont proposées sur la plateforme : GBS, ddRADseq, MIP, capture ciblée, etc...