Après 14 années de bons et loyaux services, le plateau MGX-Genotypage remplace son ancien séquenceur NGS (Next Generation sequencing), le Miseq par un nouveau séquenceur Miseq i100+ (Illumina®).
Des performances améliorées:
Ce nouvel appareil présente des performances nettement améliorées par rapport à son prédécesseur grâce à l’utilisation de la dernière chimie XLEAP d’Illumina®, avec notamment :
- une capacité de séquençage quatre fois supérieures (jusqu’à 100 millions de séquences par run) ;
- une qualité de séquençage accrue ;
- des durées de run plus courtes, comprises entre 4 et 16 heures.
Un impact environnemental réduit:
En complément de ces évolutions technologiques, le MiSeq i100 Plus est le premier séquenceur NGS dont les réactifs peuvent être expédiés et stockés à température ambiante, ce qui devrait permettre de réduire significativement l’empreinte carbone de l’instrument.
Des applications variées:
Ce nouvel équipement pourra être mobilisé pour un large éventail d'applications, parmi lesquelles :
- la métagénomique (séquençage 16S, ITS, virome, etc.) ;
- le séquençage complet de petits génomes (bactéries, champignons) ;
- le reséquençage, notamment pour le contrôle qualité des librairies ;
- le génotypage par séquençage ciblé de régions génomiques ;
- la validation d’événements d’édition du génome (CRISPR/Cas9).
Des premiers résultats prometteurs:
Un premier test réalisé sur 181 librairies de métabarcoding (fragments 16S et ITS), en collaboration avec l’UMR PHIM, a montré :
- un rendement supérieur de 15% par rapport aux spécifications d’Illumina (30 millions de séquences produites) ;
- une qualité de séquences élevée (Q30 > 97 %), par rapport au séquençage des mêmes librairies effectué avec l’ancien MiSeq.
Si ce nouvel instrument vous intéresse, contactez-nous à Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser.
Investisseurs et CPER PlantEnvi:
Cet investissement, soutenu par une action incitative BIPA du CIRAD et par le fonds commun de l’UAR Biocampus, permet de pérenniser les activités de séquençage NGS au CIRAD tout en renforçant l’offre régionale à destination de la communauté scientifique montpelliéraine.
Il s’inscrit dans la volonté du plateau MGX-Genotypage de répondre aux objectifs du CPER PlantEnvi:
- Renforcer ses capacités en génomique végétale, notamment pour la production de marqueurs microsatellites et SNP à moyen débit, en soutien aux études de diversité génétique et aux programmes de sélection variétale ;
- Développer des solutions innovantes pour la mise au point de méthodes de barcoding moléculaire, en vue de la caractérisation taxonomique d’échantillons par séquençage haut débit.
