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Montpellier GenomiX

10x genomics : Single Cell 3’ RNA-seq + linked-reads (gDNA)

L’équipe de Monsef Benkirane (IGH - UPR1142 CNRS) a récemment obtenu une subvention pour l’achat d’un appareil Chromium 10x Genomics. Cet appareil permet de réaliser 2 types d’application :

  • single cell 3’ RNA-seq : jusqu’à 8 x 6000 cellules peuvent être encapsulées individuellement en 10 minutes. Un barcoding des ADNc est effectué dans chaque gouttelette, puis une banque est construite et séquencée sur HiSeq. Cette technologie permet ainsi de réaliser un transcriptome de faible profondeur sur plusieurs milliers de cellules individuelles.
  • linked-reads : de longues molécules d’ADN sont encapsulées individuellement. Un barcoding des ADN est réalisé, puis une banque est construite et séquencée sur HiSeq. La technique permet d’obtenir des blocs d’haplotypes de plus de 10 Mb avec des SNPs, indels, et variants structuraux phasés.

L’appareil a été livré en octobre 2016 et ces prestations seront accessibles aux utilisateurs de la plateforme à partir de janvier 2017.



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