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Montpellier GenomiX

Présentation


Le Plateau Affymetrix

Le plateau régional de puces à ADN très haute densité est localisé dans l’Institut de Recherche en Biothérapie au CHU de Montpellier (Hôpital Saint-Eloi). Il fait partie du réseau Montpellier GenomiX (MGX) qui regroupe les 4 plateaux génomiques de Montpellier.

Les progrès récents de la génomique ont ouvert l’accès à l’exploration systématique de l’information génétique des cellules normales ou cancéreuses. Ces avancées ont permis l’avènement de la technologie des puces à ADN, qui offre des possibilités radicalement nouvelles pour le diagnostic des patients et pour la recherche médicale. Pour transposer cette révolution technologique sur le plan médical, le CHU de Montpellier s’est équipé d’une plate-forme pour puces à ADN très haute densité Affymetrix. Au centre des enjeux de cet équipement figurent l’identification de nouveaux marqueurs pronostiques et de nouvelles cibles thérapeutiques, notamment dans le domaine du cancer. Demain, il sera possible de proposer une médecine personnalisée, adaptée au cas unique de chaque patient. (Image :Affymetrix Genechip)

Le plateau régional de puces à ADN très haute densité propose toutes les prestations de recherche utilisant les puces à ADN Affymetrix. Ce type de puce à ADN repose sur une miniaturisation extrême des sondes ADN et est caractérisé par sa fiabilité et sa robustesse [1]. L’éventail des techniques proposées inclus l’analyse du transcriptome pan génomique pour un très vaste catalogue d’espèces, à une résolution allant jusqu’à l’exon, toutes les applications de tiling array et l’analyse à haut débit des polymorphismes humains SNPs.

Du fait de sa localisation au sein d’un grand CHU, le Laboratoire Transcriptome a une large expertise dans l’application des puces à ADN pour la recherche médicale. Il est notamment impliqué dans le programme "MILE (Microarray Innovations in Leukemia)" piloté par le réseau Européen European Leukemia Network et ROCHE, dont le but est de fabriquer et valider une puce à ADN capable d’aider à la prise en charge du diagnostic de la leucémie aiguë. Une autre spécificité du Laboratoire Transcriptome est l’analyse du transcriptome de tout petits échantillons d’ARN tels que des pools de quelques ovocytes humains [2]. ou des sous-populations de cellules tumorales triées en cytométrie de flux [3] . Le plateau Affymetrix est ouvert à tous les utilisateurs, instutitionnels ou privés. Plus de 50 équipes de France ou d’Europe ont déjà bénéficié de l’expérience de l’équipe pour leur projet de puces à ADN.


[1] Irizarry RA, Warren D, Spencer F, Kim IF, Biswal S, Frank BC, Gabrielson E, Garcia JG, Geoghegan J, Germino G, Griffin C, Hilmer SC, Hoffman E, Jedlicka AE, Kawasaki E, Martinez-Murillo F, Morsberger L, Lee H, Petersen D, Quackenbush J, Scott A, Wilson M, Yang Y, Ye SQ, Yu W. Multiple-laboratory comparison of microarray platforms. Nat Methods. 2005 May ;2(5):345-50

[2] Assou S, Anahory T, Pantesco V, Le Carrour T, Pellestor F, Klein B, Reyftmann L, Dechaud H, De Vos J, Hamamah S. The human cumulus—oocyte complex gene-expression profile. Hum Reprod. 2006 Jul ;21(7):1705-19

[3] De Vos J, Hose D, Reme T, Tarte K, Moreaux J, Mahtouk K, Jourdan M, Goldschmidt H, Rossi JF, Cremer FW, Klein B. Microarray-based understanding of normal and malignant plasma cells. Immunol Rev. 2006 Apr ;210:86-104

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