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Montpellier GenomiX

Présentation


En 2001, la plateforme s’est équipée d’un instrument de PCR quantitative en temps réel, pour la quantification des mRNAs (Lightcycler capillaire). Cette technique remplace avantageusement les techniques classiques de Northern Blot et de RNAse protection assay, et permet également le développement de nouvelles méthodes de détection basée sur la fluorescence. Le lightcycler capillaire est encore actuel et fonctionnel, mais en perte de vitesse, car il ne permet pas de mesurer plus de 32 échantillons en même temps.

Devant les besoins croissants des laboratoires, la plateforme a accru sa capacité de PCR quantitative en temps réel à haut débit : y sont actuellement pratiquées plus de 300.000 points d’analyse par an, un chiffre en constante augmentation. Coût global du projet : 225 K€, un co-financement a été obtenu de la Région Languedoc Roussillon, des Ifr122 et Ifr119, des départements Biologie Santé et Biologie Ecologie et Evolution de l’Université Montpellier II et de divers laboratoires d’utilisateurs.

La plateforme s’est à ce jour équipée d’un LightCycler 480 (Roche) permettant le génotypage et la PCR quantitative haut débit sur microplaques 384 puits, temps d’analyse moyen 1 heure. Capacité théorique d’analyse 7000 echantillons/jour. Utilisé en conjonction avec le robot de pipetage Janus (Perkin Elmer) récemment installé sur la plateforme (fevrier 2008) qui permet d’assembler les réactions de PCR dans les microplaques 384 puits, la capacité d’analyse de la plateforme est décuplée. Parallelement, nous avons aussi fait l’acquisition d’un Bioanalyzer Agilent 2100, (en cofinancement avec l’IFR119) cet instrument permet l’électrophorèse capillaire à haute résolution d’échantillons d’ARN et ADNs. D’une capacité de 150 echantillons/jour. Cet instrument est indispensable pour un contrôle très stringent de la qualité des ARN totaux avant leur utilisation expérimentale en transcriptomique.

Equipes utilisatrices de la plateforme qPCR :

Equipes enregistrées/entités payantes = 35

Nombre d’utilisateurs > 45

EPST et EPIC : INSERM, CNRS, UM2, INRA, IFREMER, UM1,

Equipes R&D de sociétés privées : 3 Biotechs

Nombre de manips PCR de Janvier2008 à Septembre 2008 : 876.

(330 000 points d’analyse).


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