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Montpellier GenomiX

Prestations & Tarifs

Le plateau IGF/IGH de la plateforme MGX propose des prestations dans le domaine du séquençage très haut débit (Next Generation Sequencing) et dans l’analyse des données ainsi produites.


Prestations en Séquençage NGS - Next Generation Sequencing

Le séquençage à très haut débit, encore appelé "Next Generation Sequencing", "Deep Sequencing" ou "Ultra high-throughput Sequencing", est réalisé sur un HiSeq 2500 et sur un HiSeq 2000, tous deux produits par la société Illumina (Illumina).

Plusieurs applications sont disponibles :

- ADN génomique :
Cette technique permet d’effectuer un séquençage de novo, un resequençage de génomes complets ou l’identification de variants (SNP, indels...). La plateforme ne réalise pas l’assemblage des données.

- ChIP-Seq (Chromatin Immuno Precipitation – Sequencing) :
Cette technique permet d’analyser les interactions ADN/protéines

- RNA-Seq
La technique d’analyse RNA-Seq permet de faire une étude qualitative et quantitative des différents transcrits d’un échantillon. Elle propose une approche différente de la DGE dans le sens où elle comprend un séquençage sur toute ou une grande partie de la longueur de chaque transcrit. Elle présente l’avantage de permettre la découverte de nouveaux transcrits.

- Small-RNA-Seq
Cette technique permet une analyse quantitative et qualitative des ARNs de petite taille contenus dans un échantillon.

- RRBS
Cette technique permet une analyse de l’état de méthylation de l’ADN.

- Bioinformatique
Quelle que soit la prestation, le plateau technique propose le QC des données et l’alignement des séquences obtenues sur le génome de référence. Différents types de fichier sont fournis afin de visualiser les séquences dans un genome viewer tel que IGV.
Les bioinformaticiens peuvent également réaliser une analyse statistique afin de déterminer quels sont les sites enrichis dans la fraction immuno-précipitée (ChIP-seq), les gènes différentiellement exprimés (RNAseq, small RNA-seq) ou les cytosines différentiellement méthylées (RRBS).
Enfin nous pouvons contextualiser les données obtenues en mesurant la sur- ou sous-représentation de termes GO (Gene Ontology).

A partir des échantillons fournis par le client, le plateau technique réalise les étapes de :

  • contrôle qualité de l’échantillon
  • construction des banques
  • génération des clusters
  • séquençage sur différentes longueurs selon l’application choisie
  • analyse qualité des séquences obtenues
  • analyse bioinformatique et statistique des données

Le tableau suivant présente les tarifs 2016 des prestations standards réalisées en séquençage  :

Prestation Labo. académique Société commerciale
Chip-Seq (/échantillon) 540 € 721 €
Small-RNA (/échantillon) Seq 455 € 651 €
RNA-Seq (/échantillon) 399 € 529 €
ADN Génomique (/échantillon) 453 € 583 €
Bioinformatique - Contrôle Qualité (/échantillon) 61 € 215 €
Identification de gènes différentiellement exprimés (/échantillon) 61 € 215 €
Contextualisation des données (/échantillon) 142 € 497 €

Ces tarifs correspondent aux prestations standards décrites précédemment et incluent généralement le séquençage de 4 échantillons/piste (ChIP-seq / ADN) ou 6 échantillons/piste (RNA-seq / smallRNA-seq) avec une longueur de lecture de 50 nucléotides. Il est possible d’adapter la longueur de lecture avec le mode Single Read ou Paired-End (50nt, 100nt, 2*50nt, 2*125nt, voire 2*250nt), mais également de réaliser du multiplexage.

Pour plus de renseignements, n’hésitez pas à nous contacter.


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