Le Miniseq utilise une technique de séquençage par synthèse (SBS) à 2 canaux.

Il supporte 2 formats de flow cells non ordonnées:

- La flow cell Mid Output qui produit 8 millions de séquences.

- La flow cell High Output qui produit 25 millions de séquences.

Les flow cells sont fournies avec des réactifs de séquençage d'un volume de:

- 300 cycles (flow cell Mid Output)

- 75 cycles, 15 cycles ou 300 cycles (flow cell High Output)