Le NovaSeq 6000 utilise une technique de séquençage par synthèse (SBS) à 2 canaux.

Il supporte 4 formats de flow cells ordonnées:

- les flow cell SP qui produisent 650 à 800 millions de séquences et sont divisibles en 2 pistes indépendantes.

- les flow cell S1 qui produisent 1.3 à 1.6 milliards de séquences et sont divisibles en 2 pistes indépendantes.

- les flow cell S2 qui produisent 3.3 à 4.1 milliards de séquences et sont divisibles en 2 pistes indépendantes.

- les flow cell SP qui produisent 8 à 10 milliards de séquences et sont divisibles en 8 pistes indépendantes.

 La plateforme propose les modes de séquençage suivants:

- Single read 100nt (pistes et flow cell SP et S1)

- Paired end 2*50nt (pistes et flow cell SP et S1)

- Paired end 2*150 (pistes et flow cell SP, S1 et S4).

Mais également:

- Paired end 2*250nt (Flow cell SP complète uniquement)

- Single read 35nt (Flow cell S4 complète uniquement)