En fin d'année 2024, le plateau MGX-NGS a fait l'acquisition d'un Cytassist (10x Genomics).
Cette machine est utilisée dans le workflow Visium HD (10x Genomics) et dans le wokflow Curio Trekker (Curio)
Cette technique permet de réaliser des analyses de transcriptomique spatiale sur des coupes de tissus FFPE ou congelés.
Comme cette technique utilise des sondes complémentaires de l'organisme étudié, les expériences sont pour le moment limitées à l'homme et à la souris.
Les zones étudiées font une taille de 6,5 x 6,5 mm et la résolution est de 2 x 2 µm.
Cette technique permet de réaliser des analyses de transcriptomique spatiale sur des coupes de tissus congelés.
Elle utilise une lame portant des billes sur lesquelles sont fixées des amorces clivables aux UV. Chaque amorce contient un barcode qui permet de la localiser spatialement sur la lame.
La coupe de tissu est fondue sur la lame Trekker. Les amorces barcodées sont libérées par une exposition aux UVs. Elles vont venir marquer les noyaux du tissu. Ces noyaux sont ensuite extraits et suive un processus de construction de banques snRNAseq standard.
Les séquences obtenues sont ensuite analysées grâce à une suite d'outils développés par Curio.
Les zones étudiées font une taille de 10 x 10 mm et la résolution est celle d'un noyau.
